Мир Эдди Брока рушится после событий второго фильма: его обвиняют в убийстве, за ним охотятся силовики и спецслужбы, а враги приходят не только с Земли, но и из далёкого космоса. За Веномом начинают охоту ксенофаги — опасные создания, посланные Наллом, древним повелителем симбиотов, которому Веном однажды осмелился бросить вызов.
Причина охоты — Кодекс, спрятанный в симбиоте. Это ключ к освобождению Налла, и если Эдди или Веном погибнут — артефакт исчезнет безвозвратно. Этим и объясняется странный приказ не причинять им вреда. В то же время команда из Зоны 51, во главе с хладнокровной Тедди Пейн и военным экспертом Рексом Стриклендом, разрабатывает собственный план по поимке инопланетного существа. Эдди предстоит не только очистить своё имя, но и сохранить контроль над тем, что может разрушить весь мир.